ウイルスと細菌 どう違う？
こんにちは。うちPです。
久々にバイオ系の話です。
細菌もウイルスも同じでしょ？っていう方！
そんなことありません！
ということで、今回は
1. 大きさ 2. 増え方・有害性 3. 薬
の3つの項目で、
細菌とウイルスの違いについて簡単に書いてみようと思います。
・目次
1. 大きさ
まずは、大きさについて。
ヒト細胞の直径は、種類にもよりますが、数～数十 μm程度です。
（μm：マイクロメートル、1 mmの1/1000が1 µmです。）
細菌は数 μm程度。光学顕微鏡で観察することが出来ます。
ウイルスは数十 nm程度です。細菌の約50分の1程度でしょうか。
非常に小さいため、電子顕微鏡でないと見えません。
スケール感はこんな感じです。
（真菌とは、カビとか酵母などです。）
2. 増え方・有害性
・細菌
細菌自体が細胞で、栄養さえあれば
自分たちで勝手に増えます。
人体に害を及ぼす細菌は、毒素を作ってヒトの細胞殺したり、物理的にヒトの細胞に侵入することで破壊したりします。
例えば、病原性大腸菌O157やサルモネラ菌、結核菌などでしょうか。
乳酸菌をはじめとする腸内細菌や納豆菌など、無害な菌もたくさんいます。
・ウイルス
ウイルスは、外殻と遺伝子（DNAまたはRNA）しかもっておらず、
自分で増えることはできません。
宿主（しゅくしゅ）の細胞に自身の遺伝子を入れ込み、
宿主の細胞内の装置を使って増幅します。
そして、宿主の細胞の外に出る際は、細胞の膜を破り、
次の細胞に感染していきます。
今回のコロナウイルスの他にも、インフルエンザウイルスやノロウイルス、あとは天然痘ウイルスなどもあります。
持っている遺伝子がDNAのものがDNAウイルス、RNAのものがRNAウイルスです。
「セントラルドグマ」のブログでの例えをするなら、RNAウイルスはコピーしか持っていないことになりますね。
コピーのコピーのコピーのコピーとかになると、文字がかすれてしまったり、見にくくなってしまったりしますよね？
RNAウイルスのRNAも少しずつ変わることがあります。これがウイルスの変異です。
現在は、あまり致死率は高くないですが、
変異をすると致死率が上がる可能性もあります。。。
できるだけ早い収束を祈るばかりですね。。。
3. 薬
細菌は、栄養を与え、発育条件を整えてあげれば、生育することが出来ます。
つまり、研究しやすい！（怒られそう笑）
細菌に対しては、増殖を抑える薬が開発されています。
いわゆる「抗生物質」「抗生剤」です。
一方、ウイルスはヒトの細胞を使って増えていきます。
したがって、ウイルスに感染している細胞にだけ効く薬を開発しなければいけません。
これがウイルスに効く薬の数が少ない主な理由です。
ちなみに、よく言われる「風邪」は90%以上がウイルスによるものです。
そのうちの１０～１５％は新型ではないコロナウイルのよるものだそうです。
（参考文献：第一三共ヘルスケアホームページ、国立感染症研究所ホームページ）
というわけで、細菌とウイルスは全く別物なんです！
ま、違いを知ったからと言って、普段の生活が何か変わるか？というとそんなことはないと思います。
ウイルスも細菌もきちんと予防しましょう！
手洗いうがい！換気！
バランスよく栄養を取るのも大事です！特にビタミンCは風邪予防にいいといわれていますね！
また、新型コロナウイルスに対しては、
一人一人が、「自分がウイルスを持っているかもしれない」という気持ち
で行動することが大切ですね。
博士課程
こんにちは。うちPです。
「博士後期課程に進学するにあたって、ブログを開設してみました！」
と、ブログを始めたのですが、そもそも博士後期課程ってなに？
ということで、博士後期課程について手短に書いてみました。
博士後期課程は、大学院の課程の一つです。
いわゆる博士課程です。
大学を卒業したのち、より専門性を高めるために進学するのが大学院です。
学部卒業後、修士課程2年間を修了し、博士課程に進学します。
博士課程は3年間ですが、それより長くかかる場合もあります。
ちなみに、大学までは卒業ですが、大学院では修了と言います。
学部が6年制の場合、修士課程はなく、学部卒業後すぐに博士課程に進学できます。
この場合、博士課程は4年制になります。
博士前期課程は？と思われるかもしれませんが、修士課程と同じです。
制度上、2通りの呼び方があるだけです。私は「修士課程」でした。
修士課程をマスターコース、博士課程をドクターコースというので、略称としてMやDを使います。
修士1年生をM1というように表記します。
M1、M2、D1、D2、D3といった感じです。
ということで
うちPは今年の3月に修士を修了し、博士課程の1年生なので、今はD1です。
ZoomとSkype はやりのオンライン飲みやってみました
こんにちは。うちPです。
外出自粛が行われるようになってから、「オンライン飲み」が流行っていますね。
私も、友人たちとオンライン飲みをやってみました。
そして、今まで、SkypeもZoomも使ったことがなく、この春、初めて使ってみました！
ということで、今回は、ZoomとSkypeを初めて使ってみた初見ユーザーの感想を書きたいと思います。
個人的には、Zoomの方が使いやすく感じました。
いくつかのポイントに分けてみます。
1. 初期設定
Skypeでは、参加する全員がアプリをダウンロードし、ユーザー登録をしなければいけません。
そして、Skype上で友達登録のようなものをして、初めて参加できます。
私は、自分のIDが分からなくなり、友達登録に時間がかかりました。
しかし、Zoomでは、送られてきたURLをクリックするだけで会議に参加できます。
とても簡単です。
アプリのダウンロード方法が分からない私の母親でも、
Zoom会議には参加できていました。
2. 通信環境
Skypeでは
画質が落ちたり、音声が途切れてしまったりといったことが頻発したのですが、
Zoomでは、そのようなことはありませんでした。
ただ、速度制限がかかってしまうと、Zoomでもダメみたいですね。。。
ZoomやSkype等での通信量をまとめているサイトもたくさんあるので、ご覧ください。
3. 料金
Skypeはすべて無料で使えます。
Zoomは、3人以上参加する場合、
無料プランだと40分までしか利用することが出来ません。
2人の場合は、時間制限なく使用できます。
ただ、今は「初回のみ時間制限なし」なので、個人で利用する場合でも、ストレスなく使っています。（有料プランは月々2,000円からです。）
Zoomのホームページよりとってきました。
無料版でも、普通の会議であれば問題なくできます。
実際、研究室でのセミナーは無料版のZoomで行っています。
有料版では、オプション（画面録画、クラウド記録等）もあるので、便利かもしれませんね。
ただ、オンライン飲みの場合、全員で1つの（くだらない）話題について話すので、40分で一回休憩し、もう一回始めても問題ないと思います。
ということで、無料版Zoom飲み楽しんでおります。
では！
ぼやき
こんにちは。うちPです。
今回はただの雑記です。
ていうか、「ぼやき」です
特に情報はないですが、共感してくれる方がいてくれたらいいなぁと
家でパソコンとにらめっこしてるだけなので、博士学生というより
ほんとにニートですな（笑）
実験したいのに研究室に行けない。。。
特に、実験をするタイプの研究室の場合、実験をしてなんぼ
論文の構想を練るにしろ、論文を読むにしろ、やりたい実験が出てくるわけですよ
やりたい実験ばかりたまる
でもできない
なんとも退屈です
さすがに運動不足だろうということで、
昨晩、夜道を散歩しました
1時間半ぐらい
元々歩くのは好きで、4時間ぐらい平気で歩けたんですよ！
”前は”
1時間半しか歩いてないのに足が痛い（笑）
特にひざの裏が痛い
（「水曜どうでしょう」の喜界島で藤やんが言ってたの、ほんとなんだなぁ）
まったく運動不足ですよ
あまり人と接触しないようにして、家に帰ったら手洗いうがい
アルコール系消毒があれば、アルコール消毒
後は、次亜塩素酸ナトリウムで怪しい箇所を拭いておくといいですかね
まだ、緊急事態宣言されてから10日も経っていませんがこのぼやきよう（笑）
皆さんも運動不足には気を付けてください！
鉄粉除去！
こんにちは。うちPです。
実家のクルマなのですが、ブレーキダストがすごくて。。。
汚れが目立ってきたので、「せめて足元だけでも」と思い、ホイールだけ洗いました。
ホームセンターで、一番安価なアルミホイール用鉄粉除去剤を選んだのですが、良かったので紹介したいと思います。
こちら。CAR MATE PS60です！
良かった点
軽くこするだけでダストが落ちるので、とても楽でした。
しかも、鉄粉除去剤特有のにおいが弱いんです。
あの刺激臭が苦手、という方にお勧めです！
気になった点
スプレーのノズルが細いので、ホイール全体にかけにくいです。
一回、ディスクローターに直接かけてしまい、焦りました
使い方
使い方は簡単です。
スプレー本体にも書いてあるので安心してください。
1. 汚れたアルミホイールを用意します。
2. ホイールに水をかけます。
3. 鉄粉除去剤をスプレーします。
4. 2~3分静置します。
5. スポンジで汚れを落としていきます
6. 勢いよく水をかけ、鉄粉除去剤と汚れを洗い流します。
まとめ
ホイールの形状にもよりますが、1本につき10分以内で終わりました。
1~3で1分、4で6.5分、5で0.5分ぐらいですかね。
「オシャレは足元から」なんて言葉があるように、ホイールだけでもきれいにしておくと、愛車がカッコよく見えますね！
簡単にできるので、ぜひ、ホイール洗浄やってみてください！
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ジョニー・イングリッシュ
こんにちは。うちPです。
滅多に映画を見ることはないのですが、久しぶりに見たので紹介したいと思います。
もはや「バイオ」も「博士」も関係ない内容ですね（笑）
「ジョニー・イングリッシュ 気休めの報酬」
概要
「Mr. ビーン」で世界的に有名なローワン・アトキンソン主演の
スパイコメディ映画です。
2003年に作製された「ジョニー・イングリッシュ」の続編で
2011年に作製されました。
「007 慰めの報酬」のパロディでタイトルが付けられていますが
原題は「JOHNNY ENGLISH REBORN」です。
007に出演していた俳優も数名キャスティングされています。
あらすじ
主人公はイギリスの諜報機関MI7（架空）のエージェントである
ジョニー・イングリッシュ（ローワン・アトキンソン）。
前作の活躍でMI7のエースとなったジョニー・イングリッシュでしたが、ある任務で失敗、MI7を首になりチベットの山奥の僧院に引きこもっています。
そんな中、英中首脳会談にて中国首相の暗殺が計画されているという情報がMI7に届き、暗殺計画の情報取集と暗殺阻止の任務に、ジョニー・イングリッシュが抜擢されます。
この暗殺計画と、ジョニー・イングリッシュが引きこもる原因になった事件がつながっていき、僧院での修行を活かしながら暗殺阻止のために奮闘します。
感想（?）
ストーリーとセリフのあるMr. ビーンという感じです。
もうね、くだらない（笑）何回でも見たくなります。
ジョニー・イングリッシュの車として、プロトタイプのロールスロイスが出てくるのですが、こいつが結構いいキャラをしています。ただ、登場回数が少ないのが残念。。。
また、今まで見たことのない電動車いすでのカーチェイス（?）も必見です！
（しかも、車いすを改造し、ローワン・アトキンソン本人が運転をしています。）
ぜひ、くだらない笑いを体験してください（笑）
Amazonプライムはこちら↓
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DVDはこちら↓
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戦わなくても楽しめる！マビノギ始めました
こんにちは。うちPです。
知り合いからの紹介で、「マビノギ」を始めてみました。
（MMORPG:Massively Multiplayer Online RolePlaying Game、多人数同時参加型RPG）
戦わなくても楽しめる！！
このゲームで私が気に入ったのは「自由度の高さ」です！
ただの戦闘ゲームではなく、料理や釣り、楽器の演奏等、マビノギの世界での生活を楽しむこともできます！
昔から、スマブラを除く戦闘系のゲームは好きではなかったので、戦闘以外が充実してるゲームに出会えてよかった！
初めて1日しかたっていないので、チュートリアルと散歩程度しかしてませんが、それだけでも楽しめています。
もちろん自分のキャラクターもいろいろとカスタマイズすることが出来ます。
種族としては、人間、エルフ、ジャイアントの3種族です。
使える能力に違いがあるようですね。（能力については、またいつか）
種族と性別、年齢を選択すると次はキャラデザインです。
髪型、髪色、目の雰囲気、瞳の色、輪郭、肌色、口の形を選ぶことが出来ます。
選択している種族によって、選択肢も変わってきます。（今回は見栄えのため、ジャイアント、男性、14歳）
左下の「前」をクリックすると、種族選択に戻れるので、気に入ったデザインがなければ種族の変更をすることもできます。
ここまで見ても、割とカスタマイズ性が豊富に感じられます。
まだ、何も勝手がわからない状態なので、もう少しやってみて、色々分かってきたら
きちんと紹介ブログを書いてみようと思います！
ちなみに、私は初心者なので、様々な能力をバランスよく使えそうな人間を選びました。
マビノギ公式サイトはこちら ↓
置くだけ！スマホ・スタンド・スピーカー
こんにちは。うちPです。
大学が登校禁止になったため、実家に引っ込んでおります。
本当は、研究室での生態をメインに書こう！と思っていたのですがねぇ。。。
ということで、実家で使用しているスマホ用スピーカーを紹介しようと思います。
こちらのスピーカーです！
とりあえず広告貼ってみました笑
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ただスマホを立てかけて、音楽を再生するだけです。
スマホの充電さえあれば、電源は必要ありません！
家中どこでも、置く場所さえあれば使用できます！！
また、ナチュラルな見た目なので、インテリアとしてもおしゃれだと思います！
（我、理系男子大学院生故、無関係）
コンセントから電源を取るタイプだと、使用できる場所が制限されてしまうし
充電式のワイヤレスタイプだと、充電を気にしなければいけません。。。
最近は、PCやスマホはもちろんのこと、イヤホンや自転車、車まで充電式のものが出てきており、心配性の私はヒヤヒヤものです。。。
それこそ、充電の切れたスピーカーなんて文鎮そのものですからね。。。
でも、このスピーカーなら文鎮になる心配はありません！
半紙を抑えられるだけの重さもありません！
だって中、空洞だもん！！
その空洞で音を反響させています。
あくまでもスマホから出ている音を響かせているだけなので、スマホの音質に依存してしまいます。。。
私の場合は、iPhone 6sを使用しているのですが、響き具合が気に入っています！
イヤホンでは味わえないような臨場感を感じることが出来るのではないでしょうか！
ただ、一つ気になる点があります。。。
スマホの電源です。
充電しながら使えるものがあるので、バッテリー残量が気になる！という方は、そちらも合わせて検討してみてはいかがでしょうか？
下の方に広告を載せておきます。
この記事を書きながら調べてみたところ、いろいろなタイプの置くだけスピーカーがあることが分かりました。
スマホの充電ができるもの、音質にこだわったもの、音の出る向きを調節できるもの等
私は、あまり値が張らず、できるだけコンパクトなものを選びました。
ぜひ、自分に合ったものを見つけてみて下さい！
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新型コロナウイルス検出に使われているPCRについて
こんにちは。うちPです。
4日目、脱3日坊主！
昨日書こうと思っていた「PCR」についてです。
どうやら一般的ではない単語の場合、言葉の解説のページに飛べるようになっているものがあるみたいですね。
新型コロナウイルスの検出に用いられているPCR法は「リアルタイムRT-PCR」が用いられているようです。
（国立感染症研究所 検査マニュアル Q&A より）
ということで、今回は「PCR」「RT-PCR」「リアルタイムRT-PCR」について、大雑把に書いていきたいと思います。
今回も、前回の「セントラルドグマ」同様に、なんとなくこんなものかと思っていただけたら嬉しいです。（それにしてはマニアックな内容ですが。。。）
目次
PCR
PCRはPolymerase Chain Reactionの略で、日本語ではポリメラーゼ連鎖反応です。
一言で言ってしまえば、狙ったDNAを増やす方法です。
バイオ系の研究ではよく使うもので、非常に画期的な発明でした。
PCR法の開発者であるキャリー・マリス博士はノーベル賞を受賞しています。
細胞が分裂をして増える際には、DNA配列も正確に受け継がなければいけません。
その時に、DNAの複製を行う酵素がDNAポリメラーゼです。PCRでは、このDNAポリメラーゼによってDNAを増幅しています。
増やしたいDNA（テンプレートDNA）とDNAポリメラーゼ、反応に必要な試薬を混ぜ、PCR装置（サーマルサイクラー）にセットするだけです。
装置は、温度の上げ下げをします。「PCR」の言葉の解説に簡単な原理が載っているので、興味がある方は見てみてください。
（いつか、私も記事を書くかもしれません。）
サーマルサイクラーにセットすると、
元となるDNAの必要な部分だけを、倍々で増幅してくれます。
1回の反応でDNAは2倍になります。
私がPCRを実験で使用するときは、増やしたいDNAの種類にもよりますが、大体30サイクル行っています。
30サイクル行うと約10億倍（2の30乗）になってくれます。
増やすDNAの大きさや、使用するDNAポリメラーゼの種類によって、反応時間が異なりますが、数十分から数時間です。（幅が大きいです。。。）
ちなみに、Amazonにサーマルサイクラーが売っていたので、広告を載せてみますね。
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刑事ドラマとかでよく出てくるDNA鑑定では、PCRを用いて15ヶ所のDNAを増幅し、調査することにより、約4兆7000億人に一人の確率で個人の特定を行っています。
（平成20年度警察白書 特集 第3節 第2項、平成30年度警察白書 第2部 第2章 第6節 2より）
また、テンプレートDNAの中に、特定のDNA配列があるのかどうかを検出することも可能です。
目的のDNA配列が増えるようなPCRを行い、DNAが増えていれば「あるだろう」、増えていなければ「無いだろう」ということが分かります。
残念ながら、「ある」「無い」とは断言できません。。。
テンプレートDNAの配列によっては違う部分が増えてしまったり、逆に増えにくかったりもするのです。。。
また、テンプレートDNAがとても少ない場合、増幅できても、検出が出来ないといったこともあります。
これが、偽陰性が出てしまう理由です。
RT-PCR
今回蔓延している新形コロナウイルスは、DNAではなく、RNAを持っているウイルスなんです。
つまり、普通のPCRでは増幅することが出来ません。。。
ではどうするか。
RNAからDNAにしてしまおう！
というわけです。
前回、セントラルドグマは「”基本的に”逆向きにはなりません。」と言いましたが、例外があります。
世の中には、RNAからDNAを合成することが出来る酵素がいます。
この酵素を用いて、RNAからDNAへ「逆転写」を行ってから、PCRを行うものが
「RT-PCR（reverse transcription PCR）」
です。
逆転写後は、普通のPCRと同じです。
リアルタイムRT-PCR
リアルタイムPCRとは、専用のPCR装置を用いて、PCRの1サイクルごとに、どれだけのDNAがあるのかを調べるものです。
PCRでDNAを増やしながら、同時に検査結果を見ることが可能で、DNAの有無をいち早く検出できます。
新型コロナウイルスの検出では、RT-PCRと組み合わせた「リアルタイムRT-PCR」が用いられています。
まとめ
長くなりましたがまとめると
・PCRはDNAを増やすもの。
・RT-PCRは、RNAに対してPCRを行うもの。
・リアルタイムPCRは、DNAの増幅と同時に量をはかるもの。
・リアルタイムRT-PCRは、RT-PCRとリアルタイムPCRを組み合わせたもの。
ということになります。
というわけでPCRについて長々と語ってみました！
セントラルドグマ
こんにちは。うちPです。
とりあえず3日間は連続で投稿してみます。
新型コロナウイルスの検査方法として、PCR法が有名になりましたね。
そこで、PCRについて簡単に書いてみようかと思いました。
しかし！
新型コロナウイルスの検出に使われているPCR法は「リアルタイムRT-PCR」と呼ばれるもので、これの話をするとなると、
「セントラルドグマ」
について記述する必要があると思いました。。。
ということで、非常に中二病チックな名前の「セントラルドグマ」について”大雑把に”お話しようかと思います。
細かい話は省いているので、厳密ではありませんが、なんとなく理解していただけたら嬉しいです。
そもそも、セントラルドグマとは、1958年に提唱された、生命科学の基本原則のようなものです。
私たちの細胞の核の中には、DNAがあります。DNAは身体の設計図のようなもので、
DNAの持つ設計図の情報（遺伝情報）からタンパク質が合成され、器官、臓器、身体を形成しています。
この、「DNAからタンパク質への遺伝情報の流れ」を示したものが
「セントラルドグマ」
です。
DNAからタンパク質の間に、RNAというものが登場します。
イメージしやすように、我々の身体をビルに例えてみましょう。
ビルの設計図の原本がDNAということになります。
もし、原本が破損したり紛失してしまったりすると、困りますよね。
そのため、設計図が必要なときは毎回コピーをとって使用します。
この設計図のコピーがRNAです。
コピーすることを転写（transcription）といいます。
設計図のコピーを読んで、材料を集めてビルを建設していきます。
設計図のコピーからビルを建てることを翻訳（translation）といいます。
このように
設計図→設計図のコピー→ビル
の流れで建設されます。逆向きには進まないですよね。
同じように
DNA→RNA→タンパク質
という流れで遺伝情報は伝わって行きます。この流れがセントラルドグマです。
”基本的に”逆向きにはなりません。
ということで、今回はセントラルドグマについて大雑把に語ってみました。
